Югорский государственный университет основан по инициативе Правительства Ханты-Мансийского автономного округа - Югры. Вуз создан распоряжением Правительства Российской Федерации от 20.08.2001 г. №1069-р и приказом Министерства образования РФ от 5.10.2001 г. № 3296 на базе Ханты-Мансийских филиалов.
В настоящее время Югорский государственный университет является одним из самых молодых государственных вузов России.
Особая заслуга по созданию университета принадлежит Губернатору Ханты-Мансийского автономного округа - Югры Александру Филипенко. Под его руководством была проведена планомерная, долгая и кропотливая работа, в результате которой 20 августа 2001 года премьер-министром Российской Федерации было подписано распоряжение о создании в Ханты-Мансийске государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования "Югорский государственный университет".
Мы доказали, что округ может являться местом для проживания, а не только территорией для временного пребывания рабочей силы,- сказал Александр Филипенко, - население округа нуждается в образовательных услугах, и эффективнее подготовка специалистов будет проходить на месте, что в свою очередь предупредит опасность миграции талантливой молодежи".
Важнейшей областью деятельности ЮГУ является подготовка кадров для промышленного сектора экономики. В 2008 году согласно распоряжению Председателя Правительства РФ к университету присоединены в качестве филиалов образовательные учреждения среднего профессионального образования:
Сургутский нефтяной техникум;
Нефтеюганский индустриальный колледж;
Лянторский нефтяной техникум;
Нижневартовский нефтяной техникум;
Лангепасский нефтяной техникум;
Пыть-Яхский индустриальный колледж.